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报告显示，仙宾礁珊瑚礁生态系统处于总体健康、局部受损的状态。具体体现在：一是礁盘造礁石珊瑚覆盖面积总体稳定；二是造礁石珊瑚种类较丰富、覆盖率较高，个别珊瑚存在季节性升温带来的零星热白化，珊瑚礁鱼类和大型底栖无脊椎动物种类丰富，发现长吻原海豚、绿海龟、玳瑁等珍稀生物，礁区生境质量总体良好；三是仙宾礁局部区域的珊瑚生长面临敌害生物、肉质大型藻类的威胁及人类活动的影响，个别站位发现珊瑚敌害生物长棘海星分布，部分站位发现一定数量的肉质大型藻类，周边区域船舶活动较多，特别是在潟湖内有相当数量未经许可进入的菲律宾船舶聚集活动。