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《报告》显示，菲律宾军舰长期在中国南沙群岛的仁爱礁非法“坐滩”，已经严重损害仁爱礁珊瑚礁生态系统的多样性、稳定性和持续性。具体体现在：仁爱礁礁坪和潟湖坡区域造礁石珊瑚覆盖面积大幅下降，非法“坐滩”军舰周边降幅尤为明显；非法“坐滩”军舰附近存在大量珊瑚礁碎块和死亡的珊瑚；潟湖坡处的造礁石珊瑚种类数和覆盖率明显低于向海坡一侧；礁区的大型底栖无脊椎动物种群结构出现失衡，非法“坐滩”军舰周边尤为严重；礁区海水中重金属、油类、活性磷酸盐含量明显高于历史记录；在礁区散布有渔网等各类人为弃置物。

《报告》指出，导致仁爱礁珊瑚礁生态系统遭到破坏的主要因素是菲律宾军舰非法“坐滩”及其相关联的人类活动。一是军舰非法“坐滩”过程对珊瑚礁生态系统造成致命性破坏，其长期“坐滩”又对周边区域珊瑚的生长与恢复产生了较大抑制性影响；二是军舰锈蚀破损导致的重金属析出及舰上人员生活垃圾与污水排放等对珊瑚的健康生长造成了长期性危害；三是菲律宾渔船和舰上人员在渔业活动中弃置的渔网渔线等对珊瑚礁生态系统健康造成了严重影响。