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2024年4月至6月,自然资源部南海生态中心联合自然资源部南海发展研究院等单位,对仁爱礁珊瑚礁生态系统状况进行了调查评估。自然资源部南海生态中心主任李团结表示,调查发现,仁爱礁礁坪和潟湖坡区域造礁石珊瑚覆盖面积大幅下降,非法“坐滩”军舰周边降幅尤为明显;非法“坐滩”军舰附近存在大量珊瑚礁碎块和死亡的珊瑚;潟湖坡处的造礁石珊瑚种类数和覆盖率明显低于向海坡一侧;礁区的大型底栖无脊椎动物种群结构出现失衡,非法“坐滩”军舰周边尤为严重;礁区海水中重金属、油类、活性磷酸盐含量明显高于历史记录;在礁区散布有渔网等各类人为弃置物。
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